Роман начинается с автомобильной катастрофы, в которую попадают молодые актёры Кристина и Эдвард. Их тела практически не пострадали, но глубокая кома не оставляет надежды на благополучный исход.
Затем действие переносится в НИИ, где происходят странные события. Александр Завьялов, главный герой романа, обнаруживает в дневнике записи, сделанные его собственным почерком, но которых он определённо не делал. Вскоре он узнаёт, что посредством записей в дневнике с ним пытается вступить в контакт сообщество разумных вирусов, обитающих в канализации НИИ. Вирусы управляют крысами.
В ходе переписки Александр начинает подозревать, что разумными вирусами могут заинтересоваться военные. Он ведёт собственное негласное расследование обстоятельств гибели коллеги, привлекая к нему лаборантку Татьяну, которая была переведена к нему в лабораторию. Между ними развиваются романтические отношения, и Александр решает ввести Татьяну в курс своих контактов с разумными вирусами, называющими себя ИНКРЫС. ИНКРЫС предлагают провести хирургическую операцию, которая позволила бы их "подопечным" крысам общаться с людьми посредством речи. Татьяна ассистирует Александру во время этой операции. Обретя голос, представители ИНКРЫС выбирают для себя имена Изюм и Изюминка.
Внезапно НИИ оказывается захвачен военными во главе с полковником Зверевым. Они фактически арестовывают Александра с подругой. В камере, куда бросили Александра, появляется крыс Изюм и передаёт записку, в которой ИНКРЫС предлагает герою перенести разум в крысиное тело, чтобы сбежать из плена. При этом человеческое тело необходимо умертвить. Такой же способ побега якобы выбирает и Татьяна.
Александр приходит в себя уже в облике крысы. Тут-то и раскрывается подлое предательство Татьяны: она и не думала превращаться в крысу. Всё это время она работала на полковника, как и Изюм с Изюминкой, и теперь Александр оказывается не на свободе, а в клетке. И совсем один.
Волей-неволей ему приходится осваиваться в новой ситуации. Выясняется, что военные организовали для разумных крыс, которые с ними сотрудничают, целый подземный город. Александр продолжает искать пути к свободе и приходит к решению организовать тайную группу, в которую будет привлекать других крыс. Что может стать для них хорошей приманкой? То, что есть у него и чего лишены они. Голос.
Вскоре Александр знакомится с юной крыской по имени Иззя, которая становится его подругой. С неё он и начинает "оглашение" крыс-соратников.
Неожиданно для себя Александр встречает в кабинете у полковника Константина Медведева, бывшего однокашника, которого все давно считали бесследно пропавшим. Константин тоже работает на военных. Он привлекает Александра к работе с новой Установкой, предназначенной для переноса разума из тела в тело. Александр осторожен, он не уверен, что Константин не ведёт с ним двойную игру, как Татьяна. Но вскоре понимает, что у них со старым приятелем общий враг, полковник. Они решают действовать сообща. Для обеспечения секретности Константин даёт Александру новую разработку - телепатический детектор. Такой же аппарат получает и Иззя.
Между тем в большом мире происходят кардинальные перемены. Создаётся мировое правительство, упраздняются армии. Земля вступает в новую, мирную эпоху.
Эти новости приносит Константин, которому также удаётся отыскать два человеческих тела, пригодных для переноса разумов Александра и Иззи. Тела принадлежат Кристине и Эдварду, о которых речь шла в прологе. Константину удаётся убедить родителей жертв автокатастрофы, что перенос разумов - единственный шанс "воскресить" их детей.
На пути к счастью остаётся лишь одно препятствие - полковник и его клика, удерживающие в плену разумных крыс. Друзья решают поднять вооружённое восстание.
Константину удаётся ускользнуть от военных и выйти на Администрацию Президента, чтобы донести правду о происходящем в НИИ. Там ему показывают запись, сделанную в американском Белом Доме, где удаётся предотвратить покушение на президента США. Покушение должны были совершить крысы из ведомства полковника Зверева. Полковник начинает шантажировать мировых лидеров, пользуясь практически полной неуязвимостью своих агентов. С помощью телепатического детектора Константин выходит на связь с Александром и согласовывает план операции, которая должна принести победу восставшим. В случае их поражения Президентом России будет отдан приказ уничтожить научный центр, чтобы предотвратить мировую катастрофу.
Ценой неимоверных усилий восставшим удаётся не только одержать победу, но и взять в плен самого полковника. Но в последнем бою смертельное ранение получает Иззя. Единственный шанс - перенос разума. У Константина есть всего полчаса, чтобы перенести разумы Александра и Иззи из крысиных тел в человеческие. Операция проходит успешно. Теперь официально Александр становится Эдвардом, а Иззя - Кристи. Для неё оказывается совсем не просто освоиться в новом человеческом облике.
А Константин предъявляет друзьям ещё один сюрприз: полковника, чей разум теперь помещён в крысиное тело. Для него даже приготовлен маленький мундир.
Александр с друзьями приглашён в Кремль, где Президент в торжественной обстановке вручает ему Орден мужества. Друзья также удостоены высоких наград. Ещё Александр и Иззя встречаются с родителями Эдварда и Кристины. Поначалу родители воспринимают своих "воскресших" детей настороженно, но понемногу лёд тает. В качестве подарка от родителей молодые люди получают ключи от нового дома.
Когда же герои возвращаются в научный центр, обнаруживается бегство полковника с приспешниками. Следы ведут в старый подземный комплекс на окраине города. Разумеется, герои сразу бросаются на задержание.
Полковнику выдвинут ультиматум: он отзывает разосланные по всему миру диверсионные группы, а взамен ему и его сторонникам даётся возможность уйти. Полковник коварно заманивает героев в западню и пытается их убить. К счастью, друзьям удаётся выбраться из западни и сорвать план полковника. После разоружения тем из его приспешников, кто искренне раскаялся, обещана амнистия, а самого полковника и его ближайшую клику (включая предательницу Татьяну в крысином облике) ждёт изгнание в подземные катакомбы...
А герои романа тем временем возвращаются к мирной жизни. Иззя-Кристи и Александр-Эдвард оправляются на съёмочную площадку, осваивая ремесло актёров, чьи жизни они теперь должны играть. Даже Константин обретает счастье с новой знакомой Полиной.