Обитающий на филиппинских островах Люзона, Миндоро, Масбатэ, Бусуанга, Самар, Негрос, Джоло и Минданао, это один из самых угрожаемых крокодилов в мире. Его общая численность может быть только 500 особей, максимально не превышая 1000. Он, возможно, уже вымер на островах Джоло, Бусуанга и Масбатэ. Последняя "крепость" филиппинского крокодила - это, похоже, архипелаг Сулу и Минданао, хотя он по прежнему малочисленнен. Широко распостранённое и общее сокращение численности этого вида делает успешное размножение и возрожденее этого вида менее вероятным.
Охота была изначальной причиной, почему этот вид сократился в численности, но теперь, возможно из-за его редкости, это больше не главная угроза. Вместо этого, планы развития острова ради сельского хозяйства могут угрожать уцелевшим особям. Единственная надежда - это то, что ранее незамеченное существование филиппинского крокодила на островах Висаян в центральных Филиппинах было недавно подтверждено, хотя данные о местной популяции пока ещё малочисленны.
Филиппинский крокодил является относительно небольшим видом, и считается, что он не превышает 3 м. в длину. Он встречается в пресной воде и наверное охотится на рыб и других водных жителей, а также на мелких птиц и млекопитающих. Его брачные повадки малоизучены, но самки строят свои гнёзда к концу засухи. Эти гнёзда обычно достигают 1.5 м. в диаметре и 0.4 м. в высоту. Самки охраняет гнёзда на протяжении 12 недель, пока крокодильчики не вылупятся.
Предполагалось, что филиппинский и новогвинейские крокодилы - это подвиды одного вида, и новогвинейский крокодил - это основной подвид. Недавний переосмотр таксономии доказал ошибочность этой версии, и филиппинский крокодил обрёл статус самостоятельного вида в первый раз в 1935 году.
Проекты по размножению этого вида в неволе являются попыткой спасти филиппинского крокодила от вымирания. Университет Силлимана также участвует в этом, при поддержке исследования этого вида на воле, при точке зрения, что в будущем этим крокодилам понадобится безопасное убежище. Большой проблемой является то, что хотя этот крокодил не считается опасным для людей, существование филиппинского крокодила рядом с гребнистым означает, что местные жители очень сильно не любят этих ящеров. Это будет очень труднопреодолимым, но скорее всего будет критическим фактором в битве за спасение филиппинского крокодила от вымирания.