В начале 1990-ых годов несколько отдельных находок из Аргентины и Монголии резко спутали вопрос о выяснении корней птиц. Открытие неполных скелетов Алварецзавра из Аргентины и Мононайкуса из Монголии показало, что граница между двуногими бегающими динозаврами и нелетающими птицами была совершенно нечёткой. Затем находка более полных останков похожего птицеящера, Шувуйи из Монголии, открыла истинную природу этих странных созданий. У них были длинные ноги, изогнутые, хрупкие шеи, небольшие, грациозные головки с крошечными зубами, и короткие, мощные передние лапы, на каждой из который было по единственному очень большому когтю и два рудиментированных когтя поменьше.
Сначала Луис Чиаппе и его коллеги считали эту группу странными нелетающими птицами. Почти сразу же другие учёные проанализировали эти останки и поспорили, что это в действительности динозавры. Последнее решение учёных-палеонтологов, включая Луиса Чиаппе, то, что их надо считать быстро бегающими динозаврами, которые только-только извне расплывчатой границы, которая отмечает настоящих птиц.
Скелеты первых птиц так напоминали останки мелких хищных динозавров, что даже в наши дни специалисты по динозаврам имеют проблемы с чётким различием между двумя группами. В действительности, это зависит от личного решения, где палеонтологи устанавливают начало птиц. Если, к примеру, присутствие перьев определяло птиц, то они бы тогда наверное должны были бы включить всех пернатых динозавров как "архаичных птиц". Конечно, т.к. кожа и подобные материи редко сохраняются на большинстве динозавров, то практически невозможно, судя по ископаемым останкам, которые могут представлять только несколько костей, если это было оперенное создание или нет. Наоборот, гораздо практичнее выбирать комбинацию специализированных черт скелета, которые ассоциируются с одной способностью, которая связана с большинством птиц в наши дни - с полётом.
Большинство учёных-палеонтологов теперь признают, что Археоптерикс является подходящим существом, чтобы обозначить корни птиц, т.к. у него были крылья, предназначенные для мощного полёта, перья, специализированные для полёта, как у современных птиц, и некоторые черты скелета, которые встречаются только у современных птиц. У него также был набор архаичных черт, которые встречаются у рептилий (вроде зубов, раздельных костей кисти и пальца, и раздельные кости хвоста), которые исчезнут у более поздних, более специализированных групп птиц.
Кроме Археоптерикса, который появился 150 МЛН, мало кто из птиц был известен из отложений эпохи динозавров на протяжении многих лет. Те, которые были известны, встречались в отложениях конца Мела в Северной Америки, и включали странные морские виды вроде Гесперорниса и Бапторниса. В 1970-ых и 80-ых было найдено несколько отдельных костей и немного редких неполных скелетов птиц времён динозавров, которые пролили ещё немного света на эволюцию ранних птиц. Более полные особи, вроде Иберомесорниса из знаменитых испанских раскопок Лас Хойаса, показывает наличие раннего пигостиля в птичьем хвосте, а плечевая кость является началом улучшения птичьего полёта. Более позднее открытие Эоалулависа в 1990-ых показало, как строение кисти сыграло важную роль в приобретении у птиц улучшенной маневренности при полётах.
Однако, настоящая революция в открытиях ископаемых птиц, которая пролила немало света на их переход от видов архаичных динозавров к современным птицам по настоящему случилась в середине 1990-ых с открытием теперь знаменитых отложений озёр Льяонинг на северо-востоке Китая. Сначала, полные скелеты ископаемых птиц были незаконно вывезены из Китая и стали появляться на аукционах в США и Европе, даже до того, как находки были названы и изучены. Со временем, значение этих мест было признано и более хорошие экземпляры были добыты и изучены различными китайскими геологами и палеонтологами. Первым из этих исследований появился Конфуцийорнис, которые остаётся одной из самых хорошо изученных Меловых птиц и по сей день, т.к. он представлен по крайней мере 1000 хороших экземпляров. Что самое замечательное у этих окаменевших останков - это их сохранившиеся детали в полных скелетах с прикрепленными перьями. Некоторые особи демонстрируют наличие длинных хвостовых перьев, которые отсутствуют у других, предполагая, что половой диморфизм имелся уже у ранних птиц.
У Конфуцийорниса был беззубый клюв и он отличался в корне от Археоптерикса тем, что у него был пигостиль или укороченная кость в хвосте. Чанченорнис, другой близкий родич Конфуцийорниса, имел более маленький изогнутый клюв и более хрупкий череп, и что боле важно - более длинный большой палец на ногах, который показывает начало адаптации для обхвата ногами веток.
Чтобы понять способ полёта современных птиц, нужно понять экономику полёта. Для таких созданий как летучие мыши и даже вымершие летающие ящеры-птерозавры, полёт был возможен из-за мышц рук и облегчённых костей. Птерозавры наверное использовали ветры и тепловые потоки и при любой возможности парили на долгие расстояния. Но птицы делают это гораздо легче, т.к. у всех современных птиц есть специализированная система, которая позволяет их крыльям махать с минимальными усилиями. Это было объяснено в конце 2006 года Дэвидом Байером из университета Брауна в США и его коллегами в журнале Природа. Это в виду крайне специализированной системы которая использует мощное сухожилие, т.н. птицекрылье сухожилие (оно же "ПС"), которое даёт мощный механизм для передачи силы грудных мышц через специальную кость в плече, которая действует как пружина. Иначе говоря, птица опускает крыло используя мышцы в груди, а система сухожилий помогает крылу подняться обратно наверх, не используя опять же мускулатуру.
Используя хорошо сохранившиеся останки динозавров и птиц возможно проследить корни этой специальной системы во времени. Можно увидеть, что крокодилы и динозавры используют мускулы, чтобы сбалансировать силу, используемую их лапами. У более продвинутых пернатых ящеров как у Синорнитозавра и Синорнитойда сухожилия плеча стали сдвигаться выше по плечевому поясу, приближаясь к той позиции, которая стала главной у птиц. Первые птицы вроде Конфуцийорниса показывают начало ПС, когда оно стало доминировать над другими сухожилиями и мышцами плеч. Палеонтологи могут ясно увидеть судя по позиции фасетки, где кости передней конечности смыкаются с плечом как суставы сдвинулись наверх по отношению к нужной кости. У современных летающих птиц это сухожилие находится параллельно с грудиной и посему представляет продвинутую стадию передвижения, где сухожилие делает основную работу.
У птиц - эффективный способ полёта, и они тратят гораздо меньше энергии, чем их предки, которые при своих полётах гораздо больше зависели от их мышц.
Истинный успех современных птиц - это не только эта система сухожилий, которая помогает в полёте, но также в со-ответствующих приспособлениях чувств, которые обрабатывают информацию при полёте быстрее, и в их уникальном методе дыхания, где использованные газы разжижаются в крови нежели чем выдыхаются через ноздри или рот, как у других животных. Эта система позволяет птицам дышать гораздо быстрее, т.к. она действует почти как односторонняя система дыхания.
Сегодня мы знаем множество прекрасных птиц, с самыми разными обликами и размерами, насчитывая около 10 000 существующих видов. Некоторые группы вторично лишились полёта и живут на земле. Поступив так, они обменяли очень быстро поглощающий энергию образ жизни на тот, который требует меньше топлива для проживания. Некоторые, вроде пингвинов, используют первичные движения полёта для плаванья по морям в поисках рыбы.
Птицы образуют большую часть мирового меню человечества и любим их как домашних животных или просто любим послушать их пение на воле. Но помните, когда вы кушаете особенно вкусную курицу, утку или куропатку, что вы едите потомка могучих хищных динозавров. В каждой курице есть немного от тираннозавра. Воистенну, недавние открытия пернатых динозавров и первых птиц показывают, как быстро наши идеи об эволюции могут измениться. На нынешний день птицы могут считаться супермоделями мира динозавров. Они - сохранившиеся иконы эволюции, истинный знак способности живой природы изменяться и приспосабливаться в непредсказуемой окружающей их среде.